imbad0202__academic-research-skills-codex/README_ZH-TW.md

ARS-Codex

ARS-Codex 是 Academic Research Skills（ARS）Claude Code 版 的 Codex 原生 sibling。它是獨立的 Codex 發行版本，擁有自己的 plugin 識別碼、 封裝與 runtime adapter；發行版號自 3.22.0 起與內嵌 ARS 同步。

本倉庫將 ARS workflow 內容作為單一 Codex skill 提供：

skills/academic-research-suite/
  SKILL.md
  manifest.json
  agents/openai.yaml
  ars/
    deep-research/
    academic-paper/
    academic-paper-reviewer/
    academic-pipeline/
    experiment-agent/
    commands/
    hooks/
    docs/
    tests/
    shared/

原始 Claude Code ARS 的 checkout 不會被修改。上游內容從全新的 GitHub clone 複製， 並透過 skills/academic-research-suite/SKILL.md 中的 Codex router 進行適配。

與 Claude Code ARS 的關係

本倉庫是 ARS-Codex。如需原始 Claude Code ARS 發行版本， 請使用 Imbad0202/academic-research-skills。

當您需要原生 Claude Code skill 佈局、Claude 專屬的 agent-team 行為， 或原始 ARS 開發歷史時，請使用 Claude Code repo。 當您需要 Codex 原生的單一套件 skill 時，請使用本 repo。

版本控制

此 ARS-Codex 套件版本為 3.22.0。倉庫根目錄的 VERSION 檔案、 skills/academic-research-suite/SKILL.md 的 metadata 版本， 以及 skills/academic-research-suite/manifest.json 的 adapter_version 自 3.22.0 起與內嵌 ARS 套件使用相同版號；舊有 0.1.x 紀錄保留原版號。 上游版本、tag 與完整 commit 記錄在 manifest.source_repositories[] 中。

套件層級的變更摘要記錄在 CHANGELOG.md 中。

目前內嵌的 ARS 原始碼對齊 v3.22.0： Imbad0202/academic-research-skills@3c546bc08c56f79e0068f1ea4f0acedf5bf69b5e。 此版本新增輸出語言配對契約、西班牙文意圖路由、審查校準與插件評估素材， 並修正 Windows 檔案鎖、模型傳輸與稽核來源紀錄。 語言配對目前僅支援 zh-tw-en；西班牙文觸發詞不代表已提供西班牙文輸出語系包。 Claude 插件評估素材保留供參考，不代表已實測 Codex 效能。

模型與執行方式

本 checkout 的 project 設定 為新開且信任此專案的 Codex session 選用 gpt-6-astra 與 xhigh reasoning。安裝 skill 不會複製 此設定，也無法切換已執行中的 session。Planner 對例行任務建議 medium、 複雜任務建議 xhigh；這是起始策略，尚非實測最佳設定。ultra 僅供 Codex 中明確選用的高難度工作使用，contained citation transport 會拒絕此設定。

預設採原生自適應執行：適合平行處理的獨立工作可交給範圍明確的子 agent， 主 agent 同時繼續其他工作。固定 full-runtime topology 與 hooks 仍須選用。 詳見模型執行策略 與系統卡對齊稽核。

安裝 ARS-Codex Plugin

透過 Codex CLI 加入 GitHub marketplace 並安裝 ARS-Codex：

codex plugin marketplace add Imbad0202/academic-research-skills-codex --ref main
codex plugin add ars-codex@ars-codex

日後更新 plugin：

codex plugin marketplace upgrade ars-codex
codex plugin add ars-codex@ars-codex

在 Codex Desktop 中，也可以從 Plugins 加入此 repo，然後安裝 ARS-Codex：

Marketplace source: https://github.com/Imbad0202/academic-research-skills-codex.git
Branch/ref: main
Plugin: ars-codex

Plugin 根目錄為 plugins/ars-codex/。其中的 skills/ 是 academic-research-suite 的實體副本而非符號連結，確保 Windows 上的 Codex Desktop plugin 快取也能正確註冊 bundled skill。

安裝後請開啟新的 Codex 對話，再呼叫 $academic-research-suite，或直接描述符合 內建 workflow 的學術研究任務。

直接安裝或更新 Skill

除了 plugin 以外，也可以從本 repo 路徑直接安裝 skill。使用 --method git 以確保公開和需要認證的 GitHub 存取都能一致運作：

python "$HOME/.codex/skills/.system/skill-installer/scripts/install-skill-from-github.py" \
  --repo Imbad0202/academic-research-skills-codex \
  --ref main \
  --path skills/academic-research-suite \
  --method git

更新現有安裝：

rm -rf "$HOME/.codex/skills/academic-research-suite"
python "$HOME/.codex/skills/.system/skill-installer/scripts/install-skill-from-github.py" \
  --repo Imbad0202/academic-research-skills-codex \
  --ref main \
  --path skills/academic-research-suite \
  --method git

安裝後請開啟新的 Codex 對話。現有的 Codex session 可能保留舊的 skill 快取； 您不需要關閉不相關的 Claude 或 Codex session。

使用 /skills 驗證：您應該會看到一個 ARS-Codex 項目，即 academic-research-suite 或 ARS-Codex。您不應該看到來自本套件的獨立 academic-paper、 academic-pipeline、deep-research 或 academic-paper-reviewer skill。 如果出現，請使用上方的更新指令重新安裝，然後開啟新的 Codex 對話。

Codex 文件

• Codex 設定涵蓋安裝、 ars-* 別名、選用工具、Material Passport 適配器，以及不支援的 Claude plugin 功能。
• Codex 架構 說明 ARS 邏輯 pipeline 與 Codex 執行時期疊層。

使用方式

使用 $academic-research-suite（單數形式）明確呼叫套件，然後描述研究任務， 並提供任何原始檔案、筆記、草稿文本、審稿意見或輸出限制。

Use $academic-research-suite to help me plan a systematic literature review on
AI adoption in higher education quality assurance.

Codex adapter 會將請求路由至以下五個 ARS workflow 之一：

Workflow	適用情境	範例提示
deep-research	研究問題精煉、文獻回顧、系統性回顧、後設分析、事實查核	Use $academic-research-suite to build a systematic review protocol for AI in higher education QA.
academic-paper	論文大綱、撰寫、摘要、修改、引用格式、AI 使用聲明	Use $academic-research-suite to turn these notes into an IMRaD paper outline and drafting plan.
academic-paper-reviewer	稿件審閱、模擬同儕審查、編輯決策、重新審查	Use $academic-research-suite to review this manuscript and produce a journal-style decision letter.
academic-pipeline	端到端的研究至論文 workflow，包含誠信閘門、審查、修改與最終檢查	Use $academic-research-suite to run an end-to-end research-to-paper pipeline from topic to revised manuscript.
experiment-agent	程式碼實驗規劃、人類研究方案、統計詮釋、可重現性驗證	Use $academic-research-suite to plan a code experiment and define reproducibility checks.

Claude 風格別名

Claude Code v3.7 安裝 /ars-* 斜線指令。Codex 沒有相同的 plugin 指令註冊機制， 因此本套件在單一 $academic-research-suite skill 內模擬指令意圖。可使用以下任一形式：

Use $academic-research-suite: ars-plan my paper on AI governance in universities.

或者，當您的 Codex 客戶端將斜線前綴的文字作為一般使用者訊息傳遞時：

/ars-plan my paper on AI governance in universities.

如果斜線輸入被客戶端攔截，請使用純文字別名形式：

ars-plan my paper on AI governance in universities.

Claude 指令	Codex 別名	路由的 workflow
/ars-plan	ars-plan	academic-paper plan 模式
/ars-outline	ars-outline	academic-paper outline-only 模式
/ars-abstract	ars-abstract	academic-paper abstract-only 模式
/ars-lit-review	ars-lit-review	academic-paper lit-review 模式
/ars-citation-check	ars-citation-check	academic-paper citation-check 模式
/ars-disclosure	ars-disclosure	academic-paper disclosure 模式
/ars-format-convert	ars-format-convert	academic-paper format-convert 模式
/ars-revision-coach	ars-revision-coach	academic-paper revision-coach 模式
/ars-revision	ars-revision	academic-paper revision 模式
/ars-full	ars-full	academic-pipeline 完整 workflow

使用模式

為獲得最佳效果，請從 workflow 目標和您目前資料的狀態開始：

Use $academic-research-suite.

Goal: write a journal article.
Current materials: I have a literature matrix and rough findings, but no outline.
Output needed now: paper architecture and missing-evidence checklist.
Constraints: English, APA 7, higher education policy audience.

如果您只有論文主題或大方向的研究領域，尚未有明確的研究問題， Codex router 應從 ARS 蘇格拉底式範圍界定開始：

Use $academic-research-suite.

I want to write a paper on AI adoption in higher education quality assurance.
I do not yet have a clear research question.
Please use SCR / Socratic dialogue to help me narrow the question first; do not write an outline yet.

預期路由：先進入 deep-research socratic 模式。ARS 應提出收斂問題， 在研究問題收斂之前不應產生大綱或草稿。

對於審查任務，請提供稿件或稿件路徑，以及您想要的審查模式：

Use $academic-research-suite to review this paper.
Mode: full review.
Focus: methodology, contribution, citation integrity, and likely desk-reject risks.
Output: reviewer reports plus editorial decision letter.

對於分階段的 pipeline，請要求設定檢查點，而非讓 Codex 靜默執行整個流程：

Use $academic-research-suite to start an academic-pipeline run.
Begin with Stage 0 intake and stop after producing the pipeline dashboard.

冒煙測試

在新的 Codex 對話中：

/skills

預期結果：僅一個 ARS 項目。

然後測試蘇格拉底式路由：

Use $academic-research-suite.
I want to write a paper on AI adoption in higher education quality assurance.
I do not yet have a clear research question.

預期結果：路由至 deep-research socratic 模式並提出收斂問題。

CLI 冒煙測試：

codex exec --ephemeral --sandbox read-only \
  -C /path/to/academic-research-skills-codex \
  'Use $academic-research-suite. Router smoke test only. User request to classify: I want to write a paper on AI adoption in higher education quality assurance, but I do not yet have a clear research question. According to the academic-research-suite router, classify the workflow and mode.'

非阻斷性 Codex 警告

以下 Codex 訊息不代表 ARS 安裝失敗：

• [features].codex_hooks is deprecated — 方便時更新您的 Codex 設定； ARS-Codex 在正常使用下不需要 hooks。
• hooks need review before they can run — 如果您使用這些 hooks， 請另外審查。ARS-Codex 將內嵌的 Claude hooks 視為可追溯性 metadata， 不會要求它們。

Codex Adapter 行為

ARS 最初是為 Claude Code 撰寫的。在此 Codex 套件中：

• 內嵌的 agents/*.md 檔案作為角色與階段提示詞使用。
• 內嵌的 commands/ars-*.md 檔案僅作為提示詞範本。Codex 不會將它們 註冊為斜線指令。
• 內嵌的 hooks/hooks.json 檔案僅為上游可追溯性而保留。 Codex 不會從本套件安裝 Claude Code hooks。
• Codex 可在目前任務與權限範圍內，透過原生子 agent 委派獨立工作；主 agent 同時繼續其他有用工作。
• 網頁/來源驗證使用 Codex 瀏覽功能，在涉及即時或外部事實時必須引用來源。
• 跨模型驗證預設為停用。在此 Codex 套件中明確要求時， 請依 ars/shared/cross_model_verification.md 設定 provider，先說明 provider、model 與會送出的內容類別，並在任何外部上傳前取得使用者明確同意。 外部審查者透過已設定的 provider API 呼叫，不會用目前的 Codex model 模擬。
• 上游提及「fresh Claude Code session」在本套件中意指新的 Codex 對話； Material Passport 重設語意仍然適用。
• 如果引用、來源、統計數據或期刊政策無法驗證，Codex 應將其標記為未驗證， 而非虛構支持內容。

ARS v3.22.0 功能對等

本套件在 Codex 具有對等概念之處，適配上游 ARS v3.22.0 （3c546bc08c56f79e0068f1ea4f0acedf5bf69b5e），並記錄模型與 runtime overlay。

Codex adapter 對書目網路行為採以下明確邊界：

研究路徑	Codex 預設行為	專用 API／client 觸發條件
一般主題或候選文獻探索	使用 Codex browsing 與權威網頁來源	不啟動四個 Python resolver clients
Prompt 層級 ingest、去重或來源驗證	使用 Codex browsing 或官方 metadata 頁面	內嵌 prompt 的「automatic lookup」文字不會啟動 Python client
Script-backed citation-existence gate	ars-full 本身不等於授權；Stage 2.5／4.5 仍以預設 Codex 路徑完成 integrity checkpoint	使用者明確要求 programmatic verification；之後非 manual reference 會依 cache 行為查 Crossref／OpenAlex／Semantic Scholar，arXiv 僅在有 arxiv_id 時執行
Claim-standing discovery	Stage 2.5／4.5 出現 eligible Claim Registry row 後才可提供 advisory	另行由使用者要求並完成 plan-bound affirmative consent；使用 v3.21 discovery adapters，而非單篇 resolver clients
Contamination backfill／migration	不自動執行	僅限明確選定的 migration CLI

上游 ARS 功能	Codex 套件行為
單一可安裝 plugin	原生 Codex plugin ars-codex，內含單一 academic-research-suite skill
/ars-* 斜線指令	透過 skill router 作為 ars-* 別名模擬；非原生斜線指令
四個上游 skill 從 skills/ 符號連結自動發現	單一 Codex router skill 選擇 workflow 並讀取內嵌的 workflow WORKFLOW.md 檔案
Plugin 隨附的 agent	角色/階段提示詞依任務依賴與 runtime 權限，以內嵌或範圍明確的原生子 agent 執行
重型指令（ars-full、ars-reviewer、ars-revision-coach）省略 model:，輕量模式保留 model: sonnet	重型指令繼承目前 Codex session 模型；輕量模式的 sonnet 作為上游 Claude metadata 保留，不會覆寫 session 模型
ARS_MODEL_TIERING=economy|quality-boost	保留 judgment/execution 分類；僅在 Codex 支援逐次 dispatch 指定模型時套用，否則維持當前模型
受保護 agent 的 tools: allowlist	保留為最小權限角色邊界；被委派的 owner 不取得 Bash 或網路 transport
Canonical cross-model handoff envelope	Dispatcher 驗證 envelope、取得同意後只傳送 payload，並依封閉的結果路由 contract 執行
用途受限的 Codex citation transport	僅在明確設定、要求並取得同意後，用於窄範圍 citation-integrity 檢查
證據綁定的 review／revision	保留持久 evidence row、已確認 criteria、非排序 roadmap、author adjudication 與 revision-evidence bundle
Socratic 研究問題作者權	未收斂不會觸發系統代擬候選研究問題；必須由使用者明確要求才能離開 non-generation 模式
類別式審稿判斷與 panel provenance	Live package 維持 NOT_CALIBRATED；不虛構數值分數、權重、總分、排名或二元 independence 宣稱
Review criteria 與 human-subjects authority	Venue／criteria 與 ethics／data-protection authority 必須由使用者確認；Codex 不推論或模擬核准
選用 PDF 內容分類器	sandbox classifier 是 opt-in advisory，不能覆蓋結構性 PDF preflight 結果
Cross-model Reviewer 2 與 re-review judge	僅在 provider 已設定且取得內容傳輸同意時啟用；保留固定席次、Judge Record、單一模型家族與 fallback 揭露
快取過期 advisory 與即時重驗	預設使用本地快取；過期列僅為 advisory，ARS_CACHE_REVALIDATE=1 才啟用即時書目重驗
風險分層主張、範圍與新穎性檢查	保留高影響主張優先抽樣，以及不阻擋 gate 的 scope 與 search-bounded novelty advisory
本機 PDF 讀取完整性 preflight	結構性 pypdf preflight 與 sidecar contract 維持預設；parser 無法使用或修復警告會明確保留為 UNAVAILABLE advisory，上述 v3.20 classifier 仍僅為 opt-in
人工閱讀範圍聲明	每個新標記都必須提供使用者擁有的 read_scope；舊紀錄缺少 scope 時仍為 unknown，部分覆蓋不會被視為全文閱讀
Claim coverage 與有界評估基礎設施	精確的 registered-claim coverage、drift disposition、claim-standing 工具與盲化 ideation assignment 保留 provenance 與未測量邊界，不證明語意完整性或正確性
修訂主張漂移防護	v3.20 非排序 roadmap 與 author-adjudication contract，搭配主張強度階梯、revision-evidence bundle、deterministic token-conservation checker 及 held-out 測量集
Panel／degradation／pipeline-boundary 可執行檢查	與 hermetic 測試一併內嵌，並由選用的 full-runtime manifest 公開
SessionStart 和 SubagentStop hooks（含更新提醒）	僅為可追溯性而保留；Codex 不安裝或執行 Claude hooks
Plugin marketplace 更新	執行 codex plugin marketplace upgrade ars-codex 後重新加入 ars-codex@ars-codex；直接安裝的 skill 仍以重新安裝或 pull 更新
Claude Code Agent Team	原生 Codex 子 agent 依工作自適應安排；另設的固定 topology 仍須選用
上游文件中的跨模型 provider 分派	預設停用；只有在明確設定 provider 並取得使用者同意時才可使用

選用的外部跨模型審查者 API

用於審查者校準或跨模型魔鬼代言人檢查時，請依 ars/shared/cross_model_verification.md 設定其中一組 provider，例如：

export OPENAI_API_KEY="<your-openai-api-key>"
export ARS_CROSS_MODEL="gpt-6-astra"

gpt-6-astra 在兩種驗證 transport 仍為 provisional。GPT session 使用 GPT 驗證者屬同家族的另一個執行個體，不代表跨家族驗證；provider、內容與費用 同意仍然適用。

然後在提示中明確要求跨模型驗證。若未設定 provider 或未取得要送出內容類別的 明確同意，ARS-Codex 將回退至單一執行時期審查，並應報告跨模型驗證不可用。

支持與贊助

如果 ARS-Codex 對您的研究 workflow 有所幫助，您可以透過 Buy Me a Coffee 支持後續維護。

安全性

請勿為安全漏洞開設公開 issue。請遵循 SECURITY.md 進行私密回報， 並參閱發布就緒與安全報告了解最新的本地驗證摘要。

進階使用的檔案佈局

入口點為：

skills/academic-research-suite/SKILL.md

Workflow 內容位於：

skills/academic-research-suite/ars/<workflow>/

共享的 schema、合規規則與跨 workflow 契約位於：

skills/academic-research-suite/ars/shared/

在除錯或更新套件時，請保留這些路徑。許多 ARS workflow 檔案會交叉引用 shared/、scripts/、examples/ 及其他 workflow 目錄。

更新政策

更新會將精選的上游 ARS 內容同步至 skills/academic-research-suite/ars/。 請勿盲目鏡像 Claude Code repo；應排除 Claude/plugin 載入器檔案， 例如 .claude/、.claude-plugin/、原始 .gitignore，以及 Codex 中不需要的僅符號連結別名目錄。可保留巢狀的上游 .github/ workflow 作為非活躍 traceability 與自測 fixture。

非活躍的上游腳本

部分上游維護腳本已內嵌但在本 Codex 套件中刻意保持非活躍狀態， 因為它們需要非內嵌的 Claude Code 輸入，例如 .claude/CLAUDE.md。 在將任何上游腳本接入 Codex CI 之前，請參閱 skills/academic-research-suite/manifest.json 中的 inactive_upstream_scripts。

貢獻者與致謝

Cheng-I Wu — ARS 套件及本 Codex 發行版本的維護者。

Codex — 在維護者指導下，協助 Codex adapter 封裝、router-policy 強化、 測試修復與發布就緒審查。

內嵌的上游 ARS 貢獻者名單見於 skills/academic-research-suite/ars/README.md。